第二季的副标题为「The kingdom of magic」，剧情紧接第一季，并直追“魔法学院”篇，还有非常精彩的众迷宫攻略者与黑RUFU作战的故事。《魔笛 Magi》第二季将从2013年10月开始，在每周日下午17:00（日本时间）首播，敬请期待！

14岁少年辛巴德生活在帕鲁提比亚王国，该国与雷姆帝国边境上出现了迷宫，该国为了获得迷宫的力量与雷姆抗衡，到处征集平民男子入伍探索迷宫，死了一万多人了，辛巴德与重病的母亲相依为命。 但14岁那年，终于部队长也逼辛巴德放弃一切，入伍探索迷宫去了，辛巴德感慨，这个国家完蛋了，村里所有壮劳力全死在迷宫里了，他如果抗命不去必死，去了迷宫也九死一生，不过在偶遇到的尤纳恩的鼓励下，他决心冲进迷宫，抢在所有人之前得到力量和财富，用自己的力量改变世界，于是他们一番艰辛，终于到了最里面，见到了掌握“愤怒与英杰的魔神--巴力”……

本动画描述了辛巴德攻略七处迷宫，成为一国之君等传奇故事的纪录。