本季延续前情，继续讲述蝙蝠侠在哥谭市打击犯罪的故事。在派对上，艾薇用她的神奇口红攻击了蝙蝠侠，让蝙蝠侠为她和哈莉的疯狂消费买单。摆脱控制后，蝙蝠侠将艾薇和哈莉绳之以法。双面人绑架了蒂姆·德雷克。在从蒂姆·德雷克那里得到钥匙后，双面人下令杀了蒂姆·德雷克。幸好蝙蝠侠及时赶到，救下了蒂姆·德雷克。蒂姆·德雷克告知了蝙蝠侠关于双面人的信息，蝙蝠侠得以逮捕双面人。蒂姆·德雷克也受到了蝙蝠侠的培养，成为了新的超级英雄。急冻人故意毁坏了博物馆的恐龙骨架，他对马德森博士说，这么做的原因就是为了让博士难过。蝙蝠侠经过侦查，发现急冻人阴谋毁灭整个哥谭市。经过艰难的战斗，蝙蝠侠阻止了急冻人的阴谋。双面人扮作了法官到处攻击恶人。不明真相的官员还试图与他展开合作。蝙蝠侠通过追查线索发现了真相，拆穿了假法官的真面目。

在成为蝙蝠侠后，布鲁斯·韦恩一直在暗处守护着哥谭市，和自己的得力助手“罗宾”——迪克·格雷森一起打击罪犯。蝙蝠侠的打击，导致商人索恩损失了上千万美元，为了解决这个心头大患，他找来了职业杀手贝恩，见识到了贝恩的强大后，他对此次计划信心十足。贝恩首次出手就不费吹灰之力地解决了超级罪犯鳄鱼人，尾随鳄鱼人到来的蝙蝠侠只见到了奄奄一息的罪犯和被破坏了的蝙蝠车。通过鳄鱼人的描述，蝙蝠侠得知了贝恩的消息，并顺藤摸瓜查清了对方的来历——以囚犯为素材通过化学实验打造而成的超级战士。不久之后，罗宾在一次行动中被贝恩抓到，对方以此为要挟唤来蝙蝠侠，赶来救人的蝙蝠侠与贝恩战作一团，他趁机救出罗宾，并让贝恩的化学药剂注射过量，最终击败了对方。然而这只不过是蝙蝠侠经历过的一次危机而已，还有无数的危险在等着他，未来他也将毫不畏惧地打击罪犯，守护哥谭市的和平。

这部动画凝聚了当时最新的动画制作技术，并且独一无二的采用了黑色底版，使完全秉承了漫画蝙蝠侠黑暗幽深的配色风格。动画基调沉黑，电影分镜感相当强，而配乐的水平在当时的美国动画界无人能敌。虽然风格不算写实，但可信度高、故事性强的情节铺排，能够把观众完全吸引到这个虚构的世界里去。除此之外，和以往的动画有所不同，《蝙蝠侠》动画版动用“真刀真枪”，而绝非科幻片的激光武器，还有机关枪火拼的追车大战等激战场面，这些在当时的动画界都是不可多得的。动画达成了多个创举，包括成功将过往只是恶作剧的小丑和心理变态的小丑合而为一，使小丑的滑稽得来不失恐怖；又将疯狂科学家急冻人重新塑造成身体和内心因为他人的无情而冰结，只为报仇而活着的悲剧人物；更创造了小丑的同党女小丑哈利·奎恩，受欢迎程度让她被蝙蝠侠漫画正式采纳。该系列结合了蝙蝠侠40年代和70年代的特质，掺入蒂姆·伯顿的电影元素，进一步将蝙蝠侠的形象丰富得有血有肉。该系列不但还黑暗骑士以本来面目，也代表着美国电视动画逐渐走向成熟和细腻。