故事从97年《最终幻想VII》结局两年之后开始，当人们以为世界已经和平之时，所谓的“星痕症候群”的病却开始四处蔓延，世界再度面临危机。同时曾经为拯救世界而战的英雄克劳德却与世隔绝孤独的生活着…… 剧情叙述主角们打倒赛菲罗斯（Sephiroth），拯救星球免于巨大陨石的侵袭后两年，神秘的怪病「星痕症候群」在各地陆续传出病例。而主角克劳德（Cloud）在与爱莉斯（Aerith）死别后，便郁郁寡欢。某日突然出现了与赛菲罗斯有未知关联的神秘3人组，除了直接对克劳德造成威胁之外，还进行着一连串秘密的计划，将已回归各自生活的主角群们，再次的卷入风波中……

赛菲罗斯的事件已经过去2年了，人类从巨大陨石的灾难之下逃脱。曾经繁荣的都市虽然满目疮痍，但人们已经开始投入重建家园的工作之中。而拯救世界的英雄克劳德，却过着与世隔绝的生活。 但是，神秘的疾病“星痕症候群”在世界蔓延。蒂法•洛克哈特决定找寻克劳德。但当她找到克劳德之时，眼前这个人，只是一个为艾利斯之死郁郁寡欢的落魄男子。 以继承赛菲罗斯的遗志而组成的白发三人组出现在人们眼前，文森特不得不再次挥动双枪，保护大家。而世界的英雄，克劳德，能否再次振作，守护这个世界呢？

本片是以电视游戏《最终幻想》作为基础的原创CG动画电影。本片于2001年上映，在电影靠电脑绘画的道路上树立了一个新的里程碑。公元2065年，地球上充满了毁灭和混乱，城市荒芜，人口被大批残杀，整个世界造到外星生命的重创，他们通过独特的方式侵袭地球上的一切生命，少数生存下来的地球人开始反抗这些外星敌人。被毁灭的梦魇时刻缠绕着的天才女科学家罗丝是这场战争中拯救世界的关键人物，但她的计划要冒极大的危险，另一边掌握着高科技军队大权的将军也有一套自己的计划去打击外星敌人，但这个计划同样要对大自然造成更大的伤害，除非罗丝能成功……