主人公时夫是居住在现代东京的初中二年级学生。某天，他突然被任命为24世纪的组织时空管理局的队员，并得知了惊人的事实。 实际上教科书上记载的历史全部都是虚假，在过去沉睡着比教科书更加有趣的“真历史”。比如，被称为绝世美女的埃及艳后实际上是名叫克莱夫和帕特拉的相声演员，正义的伙伴桃太郎实际上是比鬼还要像鬼的男人……时夫与队员可怜一同驱使着24台时间飞船前去探索真历史，这24台时间飞船能够通过变身或合体发挥出超常的力量。而阻挡在时夫等人面前的则是时间飞船系列中为人熟知的三恶人，这一次的三恶人名叫比玛乔、兹布亚基、铃木，是被世界最大的教科书公司“History Paradise”雇佣来守护遵循教科书的历史的。究竟即将揭晓的历史会是怎样的“真历史”呢？

根据去年播出的「时间飞船24」世界观改编，以三恶人为主人公的时间飞船系列作品。三恶人是指本作中的坏蛋三人组，平常的掩饰身份为世界最大的教科书出版社“历史天国社”第14仓库课的成员，分别是毕玛乔（喜多村英梨）、兹夫亚基（平田广明）和铃木（三宅健太）。